Наш сын комисован после трех месяцев службы из армии по состоянию здоровья. Положена ли ему сраховка с военкомата?

Это смотря что написано в заключении ВВК. Если заболевание получено во время прохождения военной службы, то ему положена страховка, но не от военкомата, а от страховой компании. А военкомат может лишь дать консультацию какие документы и куда направить. Ну а если это заболевание согласно заключению ВВК вообще не связано с военной службой, то никакой страховки он не получит.