Законно ли по манге сделать свой мультфильм? Точнее должны ли быть проблемы с авторскими правами?

Для себя можно, для других целей (в т. ч. для распространения в интернете) - только с разрешения авторов. Создавайте свои комиксы, своих персонажей и снимайте мультфильм, тогда проблем с законом не будет.