Ничего страшного если в загран паспорте имя Илья написано ilia а не ilya??

Ничего сверхъестественного в этом точно нет.

Не страшно, это НЕ перевод имени на другой язык, а просто правила, принятые в РФ, как написать ваше имя латинскими буквами. Не путать с переводом имени на тот же английский язык. Вы ведь можете поехать во Францию, там иные правила написания имен, в Германии свои и т. д. Так что просто пишут по правилу соответствия кириллических букв латинским

Транскрипция не важна. Важно, чтобы она совпадала в проездных документах и паспорте

Будут вопросы, если в международных (!!!) водительских правах будут различия в написании