>>Может ли она через суд или еще как выписать нас от туда?
Запросто. Она выпишет вас - и вместе с вами автоматически будет выписан сын, если его место жительство определено с вами. Если сын останется прописанным в квартире жены, то будет считаться, что она содержит 2-х детей, которые проживают с ней - и вы обязаны ей 33% алиментов на двух детей.
>>Но так получилось, что заключили брачный договор и квартира пренадлежит ей.
По какой причине так получилось? Если квартира была куплена на деньги с продажи добрачного имущества жены, или на деньги, которые дали родители жены - то все честно, эта квартира вам никогда не принадлежала и не может принадлежать.
Если же квартира (или ее часть) была куплена за совместно нажитые деньги, а по брачному договору квартира остается жене, а вам взамен никакого имущества не предоставляется (или предоставляется имущество явно меньшей стоимости) , то вы можете оспорить брачный договор, т. к. он существенно ущемляет права одной из сторон и заключение подобного договора неправомерно.