Говорят что в Никон Д90 есть значение ИСО 100. Я не могу его найти. Начинается с 200.

Хто говорит? Конкретно? Имена, пароли, явки!
А теперь смотри, что говорится в ТХ этого аппарата (стр. 268):

Чувствительность (рекомендуемый индекс экспозиции)
От200–3200 единиц ISO с шагом 1/3EV.

Чувствительность можно уменьшить приблизительно на 0,3, 0,7 или 1 EV (эквивалент ISO 100) по отношению к ISO 200 и увеличить приблизительно на 0,3, 0,7, или 1EV (эквивалент ISO 6400) по отношению к ISO 3200.
Вот и соображай.

не знаю, как на никоне, но на многих камерах 100 появляется только при джипеге. При раве начинается с 200.

Хм, а режим съёмки какой? Не "волшебный" АВТО, случаем? У меня на "старичке" Д80 выбор начинается с ИСО 80. На Д90 такой выбор тоже есть. Видимо, не там и не так настраиваете.

Говорят в Москве кур доят. Мануал не осилил?

(эквивалент ISO 100) по отношению к ISO 200
ISO 100 программный, нижний физический диапазон матрицы ISO 200 и качества при ISO 100 не увеличится, скорее наоборот от алгоритма обработки и преобразования .ISO 200 в ISO 100.