Директор по маркетингу может быть директором структурного подразделения или это совершенно разные лица?

руководитель структурного подразделения - функциональная обязанность руководить подразделением, директор по маркетингу - должность. Должна быть должностная инструкция, в которой написаны должностные обязанности, а лучше положение о подразделении, где прописана структура подчиненности.

Если у вас коммерческая организация, то названия у вас могут быть любые, как придумаете, так и называйте, только сами потом не запутайтесь кто кому директор. Соответствующие положения о структурных подразделениях (дирекциях) вам помогут, ну и должностные инструкции разумеется. Если, что поможем.