Можно ли забрать заграпаспорт из визового центра Германии (в Саратове) без потери заявления? срочно нужно!!

Нет.
Начнём с того, что паспорт, как и все остальные документы, которые Вы подали на визу, визовый центр сразу же отправляет в консульство ФРГ (для Саратовской области это г. Москва) . Т. е. паспорта Вашего в визовом центре просто нет, визовый центр сам виз не оформляет, он только посредник между Вами и консульством.

Во-вторых, изъятие любого документа из пакета означает отзыв Вашего заявления на предоставление визы.