как эффективно платить зарплату генеральному директору

Зарплату платить в рамках предусмотренного ТК РФ.

Иные формы поощрения - в рамках остального действующего законодательства.

Но прикол в том, что в малом и среднем бизнесе гендиректор, как правило,
собственник/мажоритарный акционер.

А потому что не зарплатой единой жив гендиректор. Воруют-с.

сама то поняла ?
что спросила ?

Допустим, 10 среднемесячных зарплат по предприятию. Тогда у гендиректора будет прямая заинтересованность поднимать заработную плату своим рабочим (служащим).

небольшая ставка + процент от выручки (для небольших предприятий) ,
небольшая ставка + процент от прибыли (для крупных предприятий с системой внутреннего контроля) ,
но не более N-кратной среднемесячной зарплаты по предприятию