1)Почему в предложении Who wants to see me? не to saw? По правилу же, если вопр. слово - подлежащее, гл. становится в форму past simple? И так же в предложении Who knows the answer knows, а не knews?
2) Почему Who phoned you, a не Who are you phone?
3) Почему в предложении Who are you see? are, ведь по правилу, когда вопр. слово не подлежащее, должно быть did + гл. Present Indefinite Tense? Разве не did?
1)Who wants - Кто хочет
Who wanted - Кто хотел
to see - видеть, saw - видел
Who wants to see me? - Кто хочет меня видеть.
Who saw me? - Кто видел меня.
Who wanted to see me? - Кто хотел меня видеть.
Who knows - Кто знает
Who knew - Кто знал
Who knows the answer? - Кто знает ответ.
Who knew the answer? - Кто знал ответ.
2) Who phoned you? - Кто тебе звонил? (Тут вопросительное слово - подлежащее. )
Who were you phoning? - I could say that if I had just entered the room and seen you holding the receiver to your ear. Then, on seeing me, you hung up and pretended you were not doing anything. Maybe I had forbidden you to use the phone and caught you red-handed violating my orders... (Тут вопросительное слово - дополнение) - Кому ты звонил?
Who did you phone? - I know for a fact you did call someone and I want to know who it was...(Тут вопросительное слово - дополнение) - Кому ты звонил?
3) Who are you seeing? - Кого ты сейчас видишь?
Время с вопросительным словом Who может быть любое, которое нужно по смыслу.
Порядок слов в предложении, если Who - подлежащее, как в обычном повествовательном предложении. Если Who - дополнение, как в обычном вопросительном предложении с вопросительным словом. 
“-ing” продолжающееся действие, действие в процессе
я иду, разговариваю в конкретный момент
I speak я говорю
I am speaking – я говорю (в определенный момент, в процессе)
I am speaking English now
I will be meeting you (…maybe tomorrow) (в определенный момент, в процессе)
Как все запущено...
А еще после частицы to - wаnts to see me, так вот to see - это неопределенная форма глагола - хотеть видеть! КАК вы ее поставите в прошедшее время? to see - никогда прошедшим не бывает.
⇢