С Минска до Калининграда на поезде Россиянам кроме загран паспорта что нужно иметь (виза и т. д.?)

Нужен загранпаспорт, нужна виза. УПД (замена визы) оформляется при покупке билета в международных кассах РФ, в Белорусии этот порядок не действует. Впрочем, у вас есть вариант купить билет на вокзале в Смоленске, а сесть потом в Минске. Смотрите, что обойдется дешевле, услуги консульства или поездка в Смоленск.