В австрийские меды в принципе можно перевестись на 3 курс даже из неевропейского меда, но такое поступление не гарантированное. В случае, если квота по иностранцам из неЕС не будет выполнена, то Вас примут через перевод. Например, в этом году, в принципе было мало поступающих в Венский мед и возможно, перевод бы получилось бы сделать.
В Австрии, как уже писали, нет деления в мед. университетах на магистратуру и бакалавра, только непрерывное обучение (6 лет) , но Вы можете поступить в докторантуру после Вашего ВУЗа.
Для поступления просто в мед, нужно сдать вступительный экзамен и до этого пройти обучение немецкому языку. поступление в докторантуру сильно разниться о того, на какую программу Вы подаете документы.
Про мед и про поступление есть тут: openaustria.ru/index.php/universitety/venskij-meditsinskij-universitet