мы с напарницей работаем в одну смену .сейчас она в отпуске .мне на время ее отпуска дали всего 50% от оклада .

Известная проблема гос учереждений.
По ТК РФ совместительство можно оформить только на 0,5 ставки. Это и является основным аргументом руководителей при беседах с сотрудниками. Часто это бывает связано с тем, что вторые полставки оформляют на кого-то еще.
Вам надо ориентироваться на статью 60.2 ТК РФ. Она полностью соответствует вашему случаю - посмотрите ее внимательно.