По закону не существует такого понятия как "необлагаемый налогами бонус".
Называя вещи своими именами: Вы с работодателем договорились использовать "серую зарплату", т. е. официально отражать Ваш доход в минимальной зарплате и налоги исчислять с неё, а фактически - платить больше. Тем самым Вы и Ваш работодатель сознательно занижаете доходы и уплачиваете в бюджет меньшую сумму налогов, нарушая закон.
5 250 - существует законно, а все остальное - по понятиям, к которым закон отношения не имеет.
Но Ваш работодатель оказался ещё тем жуком, который даже понятия нарушает, т. е. параллельно он решил еще и Вас обуть и отщепнуть себе "денежку малую" - 13 % от суммы, которую вы с ним совместно договорились от государства скрыть. Это, конечно, "по понятиям" - очень плохо, но причем тут суд и закон?
Нет у Вас законного основания для искового заявления в суд, потому что нет законного существования зарплаты в 40 тысяч. По закону - а для суда это договор - у Вас зарплата в 5 250 и только. Доказать, что фактически зарплата выше можно (хотя и сложно) , но это будет означать, что Вашему работодателю придется доплатить пенсионному фонду, а Вам лично - налоговой инспекции (те самые 13 % подоходного, которые сейчас до бюджета не доходят).