Отказ в прекращении регистрации в качестве индивидуального предпринимателя по этому основанию совершенно незаконен.
Во-первых, закон № 129-ФЗ не содержит запрета на проведение регистрации при наличии у индивидуального предпринимателя какого-либо долга - требуется лишь справка из ПФ РФ. Причём не об оплате долгов, а всего лишь О ПРЕДСТАВЛЕНИИ ВСЕХ ДОКУМЕНТОВ.
Во-вторых, даже эту справку предоставлять самому не обязательно. Если она в документах отсутствует, налоговики обязаны запросить её сами.
Долги, как раз-то, с бывшего ИП взимать достаточно просто. Поскольку ИП отвечает по долгам всем своим имуществом и прекращение его деятельности его от этой обязанности не освобождает. Ведь ИП - это человек, гражданин, и от того, что он больше не предприниматель, он никуда не исчезает.
Все различие в том, что у действующего ИП задолженности по страховым взносам можно было списывать в бесспорном порядке, а у бывшего - только через суд. Каковые ПФ РФ выигрывает в 99,99 % случаев.
Так что наличие задолженности - любой, хоть в пенсионный фонд, хоть по налогам - основанием для отказа прекращения ИП не является.
Обжаловать такой отказ нужно.
Смущает дата, которую Вы указали. Дело действительно было в 2013 году? Если да - то сроки Вы пропустили.
Если же отказ был в августе этого года, то Вам необходимо обжаловать его или в вышестоящем органе (Управлении ФНС по Вашему региону) или в Арбитражном суде. Сроки у Вас весьма сжатые - три месяца со дня, когда Вы узнали о неправомерном решении (это дата получения Вами решения об отказе).