ст. 346.1 НК РФ
п. 3.Организации, являющиеся налогоплательщиками единого сельскохозяйственного налога.... не признаются налогоплательщиками налога на добавленную стоимость (за исключением налога на добавленную стоимость, подлежащего уплате в соответствии с настоящим Кодексом при ввозе товаров на территорию Российской Федерации и иные территории, находящиеся под ее юрисдикцией, а также налога на добавленную стоимость, уплачиваемого в соответствии со статьей 174.1 настоящего Кодекса) .
ст. 176 НК РФ "Порядок возмещения налога"
1. В случае, если по итогам налогового периода сумма налоговых вычетов превышает общую сумму налога, исчисленную по операциям, признаваемым объектом налогообложения в соответствии с подпунктами 1 - 3 пункта 1 статьи 146 настоящего Кодекса, полученная разница подлежит возмещению (зачету, возврату) налогоплательщику в соответствии с положениями настоящей статьи.
После представления налогоплательщиком налоговой декларации налоговый орган проверяет обоснованность суммы налога, заявленной к возмещению, при проведении камеральной налоговой проверки в порядке, установленном статьей 88 настоящего Кодекса.
Т. к. налогоплательщики применяющие систему налогообложения в виде ЕСХН не признаются налогоплательщиками НДС, соответственно не исчисляют его, не представляют декларацию по НДС в налоговый орган, то и возмещать его не имеют права (возмещать не с чего).