Можно ли получить налоговый вычет за приобретённую квартиру, если средства наполовину свои, наполовину субсидия

совершенно верно, вычет получите со своих средств, без учета субсидии, с 2 000 000 максимум 260 000 рублей. Учтите, что налоговый вычет можно получить только единажды

Можно, только на свои затраты.