Какое расположение осей системы координат принято во фрезерных станках с ЧПУ?

По-разному.
Зависит от того, горизонтально-фрезерный, или вертикально фрезерный.
Ось Z по-другому!
Бывают станки, у которых подвижная фрезерная бабка.. .
Или двигается стол.. .
На разных приходилось работать...