Физ. лицо?
У Вас, вероятно, два лицевых счета - два раза вы заведены как налогоплательщик в базе данных у налоговой инспекции и у каждого свой автомобиль. Это решается путем объединения лицевых счетов.
А что значит бОльшую? Одна сумма правильная, а вторая завышенная?
Пишите заявление на имя Начальника инспекции с описанием ситуации, мол каждый год присылают два раза налог на один и тот же автомобиль, только в одном случае он исчислен верно, а во втором завышен, с просьбой разобраться в сложившейся ситуации, приложите копию свидетельства на автомобиль и по возможности (если остались) налоговые уведомления (оба: правильный и неправильный) с расчетом. В письме укажите что ждете ответа, и в случае повторения сложившейся ситуации будете вынуждены обратиться с жалобой в Управление Федеральной налоговой службы.