Имея литовскую шенгенскую визу, могу ли я вылететь из Москвы сначала в Германию?

Если виза многократная и по ней Вы уже были в Литве, то без проблем.
Если же нет, то имейте в виду, что немецкие пограничники имеют полное право задать Вам вопрос на тему, "а чего это Вы с "нераспечатанной" литовской визой, да прямиком в Германию? Отчего не запросили немецкую визу? " и если Вы не дадите убедительных ответов и, тем более, если у Вас ещё и не окажется при себе билетов в Литву и подтверждения брони литовских отелей (это свидетельствует о том, что в Литву Вы всё же собираетесь ехать) , то имеют полное право в страну не пустить, а визу аннулировать.