почему современные одноклеточные животные не вымирают, хотя живут среди более высокоорганизованных животных

Просто они хорошо устроились. Никому не мешают. Нет, есть некоторые опасные паразиты. Дизентерийные амёбы, например. А есть очень полезные - живут в симбиозе, помогают переваривать целлюлозу в желудке парнокопытных и в слепой кишке непарнокопытных животных (высокоорганизованных)