Соглашусь с Людмилой Рубинчик в том, что лучше объединить эти предложения в одно, но, как я уже Вам говорила, всё же лучше поставить запятую и перед что, так как в справочнике Розенталя наличие вводного слова указывается как условие для расчленения составного союза. Процитирую и полностью примеры из § 108: [ссылка заблокирована по решению администрации проекта]
Вот и Ваше предложение следует оформить так:
Кофе остывал долго, наверное, потому, что в комнате тепло.
Если же необходимо сохранить расчленение сложного предложения на два, то так:
Кофе остывал долго. Наверное, потому, что в комнате тепло.
И не забывайте о запятой после вводного слова.