скрытые файлы, служебные файлы антивирусов и т. п.
Рабочий стол тоже является частью диска C: если у тебя все файлы на десктопе, то и диск заполняется.
Так же временные файлы (Temp), которые по сути, операционная система должна удалять сразу после того, как они стали ненужными, часто не удаляются. Из-за этого тоже забивается жёсткий. Если ты открываешь файлы из архивов напрямую (открыла рар и сразу двойным щелчком) , а не распаковываешь в определённую локацию, чтобы потом удалить, то при каждом таком запуске архив всё равно распаковывается сам (!) в Temp и при каждом открытии этого файла не обращается к предыдущему распаковыванию, а создаёт новое. Так же возможны вирусы.
Многие программы используют скрытые папки в c:\documents and settings\User (XP) или C:\users\user (Vista\7) и поэтому забивают место. Тут проще посмотреть, где именно используется больше всего места и избавиться от этого