Есть две колонки со штекером 3.5. Как сделать так чтобы подключить их к компу через усилитель в котором 2 разьема 3.5

Так?

колонка 1 <---|-----<----усил <----комп
колонка 2 <---|

Ну тогда поищи разветвитель разъема 3.5" .
Но вот потянет ли твой усилитель две колонки - большой вопрос, и ответ на него написан в характеристиках колонок (сложи их мощность) .

Подключи усилитель к выходу звуковой карты, а к усилителю колонки через разветвитель. В компютере, в настройках видеокарты, выбери MONO режим (стерео звуки будут смешиваться в один канал).