Кто должен платить налоги, если Юр. лицо платит физическому лицу за аренду квартиры?

никаких договоренностей быть не может. Налоговым кодексом РФ достаточно четко регламентирован данный вопрос:
Согласно пп. 4 и 10 п. 1 ст. 208 НК РФ к доходам от источников в РФ относятся доходы, полученные от сдачи в аренду или иного использования имущества, находящегося в России.

В соответствии с п. 1 ст. 226 НК РФ российские организации (налоговые агенты) , от которых или в результате отношений с которыми налогоплательщик получил доходы, обязаны исчислить, удержать у налогоплательщика и уплатить сумму НДФЛ.

С учетом изложенного, организация - арендатор жилого помещения, производящая выплаты по договору аренды физическому лицу - арендодателю, не являющемуся индивидуальным предпринимателем, обязана исчислить, удержать у налогоплательщика и уплатить в бюджет сумму НДФЛ с сумм арендной платы.