организация с федеральным подчинением может ли быть одинаковый КПП и ИНН у разных контрагентов (например железная дорога

скорее всего это одно юридическое лицо и сеть филиалов

если организация с ОП (обособленными подразделениями) или филиалами, то ИНН у все один, а КПП (код причинной постановки) разные - он присвается по месту регистрации ОП/филиала