Могу я обратиться с жалобой на разную цену на ценнике и в чеке на следующий день после покупки без товара, но с чеком?

Главным для покупателя является информация о товаре для принятия решения его приобрести. Поэтому претензию можете предъявлять смело и требовать разницы.
Я это делала не раз, просто будьте настойчивы. Отговорок может быть много. Вызывайте директора-управляющего, им обычно проблемы не нужны.

50% на 50% во всех магазинах по разному

да, можете. но не факт что тот самый ценник не успеют поменять.