1. В Санкт-Петербурге нет ПОСОЛЬСТВА Швейцарии, только Генеральное консульство. А консульство - это структура, подчиненная посольству. Так что если письмо на имя посла или в посольство, то и адрес должен стоять московский. Швейцарцы - нормальные люди, вряд ли они потребуют от Вас бумагу на имя Генерального консула Швейцарии в Санкт-Петербурге.
2. А приглашение какое? Письмо на бланке фирмы или оформленное в специальном ведомстве (не помню, как называется) . Если в ведомстве, то оно, скорее всего, пишет бумаги только на посольство, так что все нормально.