Пойти на принцип или оставить?

Работал в компании, уволился. Когда увольнялся генеральный сказал сдавать дела не начальнику отдела, а ему лично и выдал список, что ему нужно. Все предоставить в полном объеме не то, что за две недели, за пару месяцев было нереально. А на другом месте работы уже ждали. По истечению двух недель сдал дела начальнику отдела, а генеральному - по максимум из его запрошенного списка. При увольнении получил, как полагается, расчет и отпускные. Тут все нормально.
Но у нас же все умные, полностью белую зарплату мало где платят. Прекрасно понимаю, что сам подписывал такой договор, где оклад белый, а основной доход, % с продаж - в конверте.
В общем, когда пришел за конвертом, генеральный сказал, что дела я до конца не передал и он в свою очередь мне проценты из-за этого не заплатит.
Я вот думаю, что если, написать письмо в трудовую инспекцию, что работал я в помещении без окон (что на самом деле) , за что мне полагался укороченный рабочий день (чего не было) и дополнительные дни к отпуску, а при расчете я получил отпускные по стандартному расчету. Что грозит фирме за несоблюдение данного пункта трудового кодекса и можно ли это использовать, как рычаг, что бы получить свои заработанные проценты?
Или лучше писать в какие-то другие структуры? Но на каком основании, если по официальной части претензий нет?
Я сначала думал оставить ему этот полтинник, пусть радуется, какой он предприимчивый. Но в силу недавних непредвиденных расходов и Нового Года на носу - уже не хочется делать генеральному такой подарок.

Обращаться в прокуратуру или еще куда, на мой взгляд бессмысленно, т. к. не получил я серую з/п. По официальной части все закрыли, как полагается. В данной ситуации, как мне кажется, нужно написать письмо в какой-нибудь орган, что бы их достали с проверками и возможными штрафами, показать это письмо генеральному, что бы он понял, что, если я отправлю это письмо по адресу, то потеряет он больше и проще заплатить мне, что должен и забыть друг о друге.