Кто является субъектом малого предпринимательства?

Это, в частности, коммерческие организации (кроме государственных и муниципальных унитарных предприятий) , соответствующие следующим условиям:
1) суммарная доля участия РФ, субъектов РФ, муниципальных образований, иностранных организаций и граждан, общественных и религиозных организаций (объединений) , благотворительных и иных фондов в их уставном капитале не должна превышать 25%;
2) доля участия, принадлежащая организациям, которые не относятся к субъектам малого и среднего предпринимательства, не должна превышать 25%;
3) средняя численность их работников за предшествующий календарный год не должна превышать 100 человек;
4) выручка от реализации товаров (работ, услуг) без учета НДС за предшествующий календарный год не должна превышать 400 млн руб.

Малое предприятие - это не обязательно организация, применяющая спецрежим ("упрощенку", ЕНВД или ЕСХН) .

ФЕДЕРАЛЬНЫЙ ЗАКОН О РАЗВИТИИ МАЛОГО И СРЕДНЕГО ПРЕДПРИНИМАТЕЛЬСТВА В РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ
Статья 4. Категории субъектов малого и среднего предпринимательства
http://base.consultant.ru/cons/cgi/online.cgi?req=doc;base=LAW;n=90233;div=LAW;mb=LAW;opt=1;ts=5FE2C0EA746A2C8C43A4E3F18A255871
Внимательно читайте, там есть отличия малого от среднего.
единый государственный реестр юридических лиц это ЕГРЮЛ
единый государственный реестр индивидуальных предпринимателей это ЕГРИП. Т. е. зарегистрированы.

Субъекты малого предпринимательства определяются по количеству людей (на Ип по моему до 25 человек, на ТОО до 50) и форма собственности - частная.

МАЛОЕ ПРЕДПРИЯТИЕ (субъект малого предпринимательства) — коммерческая организация, в уставном капитале которой доля участия Российской Федерации, субъектов Российской Федерации, общественных и религиозных организаций (объединений) , благотворительных и иных фондов не превышает 25%, доля, принадлежащая одному или нескольким юридическим лицам, не являющимся субъектами малого предпринимательства, не превышает 25% и в которой средняя численность работников за отчетный период не превышает следующих предельных уровней: в промышленности --100 человек; в строительстве — 100 человек; на транспорте — 100 человек; в сельском хозяйстве — 60 человек; в научно-технической сфере — 60 человек; в оптовой торговле — 50 человек; в розничной торговле и бытовом обслуживании населения — 30 человек; в остальных отраслях и при осуществлении других видов деятельности — 50 человек. Под субъектами малого предпринимательства понимаются также физические лица, занимающиеся предпринимательской деятельностью без образования юридического лица.