Подскажите пожалуйста, от какой суммы нужно считать сумму аванса? От всей з/п (бюдж, в/бюдж) или только от оклада?

Практика. Если % аванса проставить в бухгалтерской программе, то она будет браться от оклада. К тому же, обычно в середине месяца еще не ясно, будут ли доплаты. Одна сумма аванса - по бюджету, другая - по внебюджету, если у Вас по внебюджету есть постоянные начисления.
Но, бухгалтер может поставить сумму аванса вручную. И выдать побольше, в зависимости от предполагаемого начисления.
Один аванс - по бюджету, другой - по внебюджету.
Думаю, что ситуация без бухгалтерской программы - аналогичная.
Величина аванса в бюдженой организации может зависеть и от финансирования. Если не хватает средств на зарплатной статье, то сумма аванса может быть меньше. Обязательное финансирвание сейчас идет на зарплату, а не на выплату аванса.

От всей суммы "К выдачи" .( Сумма к выдачи= начислено-НДФЛ)

1C 7 cитает сама, я ставлю слово аванс и 40%, она береь оклад,, Что следует доказать, оклад постоянная величина и от нее отталкиваются для начисления аванса

Понимаете ли.. . в нашей стране (Россия которая) в законодательстве нет понятия "аванс", есть понятие "зарплата", платить которую надо не реже чем каждые полмесяца.. . Т. е. по-хорошему вы вместо аванса платите зарплату, а зарплата у вас бюдж и внебюдж. Соответственно то, что называется авансом, тоже должно состоять из двух частей.
Хотя у бюджетников все своеобразно.... Но трудинспекция не одобрит неполную выплату.

от оклада конечно, премии не учитываеются.