По результатам проверки бюджетной организации (школы) ревизором управления образования были выявлены нарушения

Дополню: если не счетная ошибка, то ответственность лежит на бухгалтере, неправильно производившего начисление. Почитайте статью 1109 Гражданского кодекса РФ, там все написано.. ) Ревизор предписывать не имеет права, он может только предложить руководителю устранить нарушение..)

Порядок удержания из заработной платы установлен действующим Трудовым кодексом РФ – ст. 137.

Статьей 137 установлены ограничения удержаний и порядок удержаний из заработной платы: Удержания из заработной платы работника производятся только в случаях, предусмотренных настоящим Кодексом и иными федеральными законами.

Удержания из заработной платы работника для погашения его задолженности работодателю могут производиться:

для возмещения неотработанного аванса, выданного работнику в счет заработной платы;
для погашения неизрасходованного и своевременно не возвращенного аванса, выданного в связи со служебной командировкой или переводом на другую работу в другую местность, а также в других случаях;
для возврата сумм, излишне выплаченных работнику вследствие счетных ошибок, а также сумм, излишне выплаченных работнику, в случае признания органом по рассмотрению индивидуальных трудовых споров вины работника в невыполнении норм труда или простое при увольнении работника до окончания того рабочего года, в счет которого он уже получил ежегодный оплачиваемый отпуск, за неотработанные дни отпуска.
В случаях, предусмотренных абзацами вторым, третьим и четвертым части второй настоящей статьи, работодатель вправе принять решение об удержании из заработной платы работника не позднее одного месяца со дня окончания срока, установленного для возвращения аванса, погашения задолженности или неправильно исчисленных выплат, и при условии, если работник не оспаривает оснований и размеров удержания.
Заработная плата, излишне выплаченная работнику (в том числе при неправильном применении законов или иных нормативных правовых актов) , не может быть с него взыскана, за исключением случаев:

счетной ошибки;
если органом по рассмотрению индивидуальных трудовых споров признана вина работника в невыполнении норм труда или простое;
если заработная плата была излишне выплачена работнику в связи с его неправомерными действиями, установленными судом.
Таким образом, всем работникам должен был быть установлен срок погашения неправильно исчисленных выплат. Не позднее месяца со дня окончания указанного срока, работодатель может принять решение об удержании из заработной платы. ТОЛЬКО ПРИ УСЛОВИИ, что работник не оспаривает оснований и размеров удержаний.

Если Вы оспариваете основание и размер удержаний, то вправе обратиться в суд с соответствующим исковым заявлением. Если суд сочтет, что заработная плата излишне выплачена в результате неправильного применении законом или иных нормативных актов, действия работодателя будут признаны незаконными и работодатель обязан будет выплатить удержанные суммы.