Нужна помощь: как отразить в бух. учете выставленные пени в бюджетной организации

Читайте свой договор,
1. есть там пункт "за нарушение сроков" ?
2. Подрядчик согласен с Вами ?
Вот сначала два этих пункта исследуйте, а потом уже как отражать в бух. учёте думайте, ибо пункт 1 совсем не значит пункт 2.
Подрядчик может не согласится с вами ибо возможно вы тоже нарушали договор... во время не оплатили аванс, если он был. Не создали условий в оговоренные сроки для выполнения работ по договору.

У вас должен быть четкий перечень услуг, за которые вы можете получать деньги как доход. Левый доход Минфин или казначейство не пропустит.
Что касается оплатить за "минусом" пени. Тоже не вариант. Вы же наверняка будете ставить договор на учет как бюджетное обязательство (БО) . Если сумма в программе и на бумажном носителе будет не соответствовать, то вам тут же это БО отправят на доработку. Если вы поставите договор на учет с полной суммой, а платежкой отправите меньше, у вас останется сумма вашей пени как не исполненное БО. Снять его довольно проблематично.
Если вам так принципиально взыскать с подрядчика эту пеню, то договоритесь с подрядчиком и просто переделайте договор. Так будет правильнее.

если подрядчик признает пени, то можно признание можно подтвердить в акте сверки проводка Д-т - задолженность поставщика (подрядчика) К-т - взысканные штрафы (пени)