Если фирма зарегистрирована по одному адресу а фактически находится по другому адресу чем это грозит владельцам фирмы?

Ничем. Если при регистрации возникли сложности и юр. адрес пришлось искать. Большинство ситуаций рассмотрено в статье на клерке. Вот ссылка.
http://www.klerk.ru/law/articles/57703/
От себя могу сказать, что сталкивалась с большим количеством расхождений между адресами. Сложностей никогда не было. Однако нужно помнить, что почтовая корреспонденция от фискальных органов приходит на юр. адрес. А её лучше видеть вовремя.

К сожалению вы не написали относятся эти адреса к одной

инспекции или нет.

Если к разным, то вы были обязаны встать там на учёт в течение

месяца и платить налоги.

Насчёт штрафа в 5000, он есть, но я не видел пока ни одного

оштрафованного

В общем-то ничем. Но на сколько я знаю, в налогово инспекции требуют предоставлять сведения о фактическом местонахождении. Ну и, конечно, позаботьтесь о том, чтобы письма на имя вашей органищации все-таки оходили до неё.

Штраф 5000 руб. взяли за не постановку на учет обособленного подразделения (срок в течении месяца со дня создания)
Проще всего поставить на учет обособленное подразделение, по фактическому адресу. Делается это очень просто, обязанностей по налогам или по сдаче отчетности не возникает. Но подтверждает что вы негде не скрываетесь. Подать письмо в налоговую с просьбой посылать корреспонденцию по адресу обособленного подразделения.

При изменении этого адреса снимаете с учета обособл. подразделение, и ставите в другом месте. В Устав вносить не надо, при этом даже не теряется право применения УСН (есть письма ФНС) . Только не забудьте если обособленное подразделение в другом городе, то НДФЛ платится в разные регионы.

Нам 5000 руб. штрафом единожды, так и находитесь, за одно и то же преступление дважды не штрафуют

Штрафом.

Если успеете внести изменения в учр. документы и зарегестрировать их до того как налоговая выяснит расхождения то ничем, в ином случае административным штрафом