Какие налоги платить при продаже недвижимости, переведенной из муниципальной в приватизированную? Или выгоднее обмен

Вы платите НДФЛ = 13% *(Доходы - расходы + 1 млн. руб (льгота) )
В Вашей ситуации возможно два варианта:
1. Вы прописываете в договоре стоимость до 1 млн. руб - покупатель, имеющий право на вычет по НДФЛ не согласиться
2. Уплатить НДФЛ - а при покупке новой недвижимости возместить из бюджета (могут возникнуть проблемы при наличии "серых" доходов владельца)
3. Действительно обмен - при Ваших расходах возмещаете НДФЛ, иное платите свыше 1 млн

НК РФ гл. 23 ст. 208 Статья 208. Доходы от источников в Российской Федерации и доходы от источников за пределами Российской Федерациист. п. 1 1. Для целей настоящей главы к доходам от источников в Российской Федерации относятся п. п. 5 5) доходы от реализации:
недвижимого имущества, находящегося в Российской Федерации;
в Российской Федерации акций или иных ценных бумаг, а также долей участия в уставном капитале организаций;
прав требования к российской организации или иностранной организации в связи с деятельностью ее обособленного подразделения на территории Российской Федерации;
иного имущества, находящегося в Российской Федерации и принадлежащего физическому лицу;

Статья 220. Имущественные налоговые вычеты
1. При определении размера налоговой базы в соответствии с пунктом 3 статьи 210 настоящего Кодекса налогоплательщик имеет право на получение следующих имущественных налоговых вычетов:
1) в суммах, полученных налогоплательщиком в налоговом периоде от продажи жилых домов, квартир, комнат, включая приватизированные жилые помещения, дач, садовых домиков или земельных участков и долей в указанном имуществе, находившихся в собственности налогоплательщика менее трех лет, но не превышающих в целом 1 000 000 рублей, а также в суммах, полученных в налоговом периоде от продажи иного имущества, находившегося в собственности налогоплательщика менее трех лет, но не превышающих 125 000 рублей. При продаже жилых домов, квартир, комнат, включая приватизированные жилые помещения, дач, садовых домиков и земельных участков и долей в указанном имуществе, находившихся в собственности налогоплательщика три года и более, а также при продаже иного имущества, находившегося в собственности налогоплательщика три года и более, имущественный налоговый вычет предоставляется в сумме, полученной налогоплательщиком при продаже указанного имущества.

налог на доход и прбыль если не изменяет память