Какими налогами облагается продажа квартиры при получении её по зачету однородных требований по договору долевого уч.

Юридическое лицо платит налоги в зависимости от применяемой системы налогообложения.
При ОСНО реализация квартир не облагается НДС

не важно как вы ее получили, но при продаже платится НДФЛ 13%

Если продает физическое лицо, то НДФЛ. При этом НДФЛ можно уменьшить (взять с разницы между суммой продажи и 1 млн. руб. ) или вовсе убрать, если квартира находится в собственности более 3-х лет.
Другой вариант (например, если квартира в собственности менее 3-лет и стоит дороже 1 млн. руб и куплена дороже, чем продается, или куплена дороже, чем 1 млн. руб.) , можно брать налог с разницы между ценой продажи и фактически произведенными и документально подтвержденными расходами на приобретение.
И в этом варианте как раз важно, каким способом Вы оплачивали квартиру при приобретении. В Вашем случае подтвердить расходы налоговой будет значительно сложнее, чем если бы Вы платили деньгами. Во всяком случае, Вам нужно представить соглашение (или заявление одной из сторон о зачете) , договор долевого участия, договор, по которому возникает встречное требование (судя по всему, Вы что-то продали, и Вам должны деньги или предъявили вексель к погашению и Вам должны деньги или что-то подобное) . При этом важно учесть, что если застройщик применил какую-то схему для обхода закона о долевом участии (векселя или предварительные договоры) , налоговая может найти повод Вам отказать в подтверждении расходов на том основании, что сделка, из которой возникает встречное требование, ничтожна. Тогда придется судиться, если не хотите платить НДФЛ.
Еще раз подчеркну, что если квартира находится в собственности более трех лет, то, независимо от того, за сколько она продается, НДФЛ можно не платить и расходы документально не подтверждать - только право собственности. Правда декларацию в этом случае все равно сдать надо, но на следующий год.