Какая разница между НДС к возмещению и общим НДС? НДС к возмещению получает сторона оплатившая товар?...кто возмещает?

Здесь все более или менее просто. Смотрите, допустим Вы находитесь на общей системе налогообложения и являетесь плательщиком НДС. Это первое условие. Заключаете сделку купли - продажи, по которой вам оказыват услугу стоимостью 100 рублей из них 18 рублей Ваш НДС, который входит в стоимость оказанной Вам услуги и который Вы также перечисляете поставщику. Получив эти деньги, Ваш поставщик обязан их выделить из стоимости услуги и оплатить в бюджет. В следующий раз вы уже оказываете услугу, допустим ее стоимость 50 рублей, в том числе НДС 9 рублей. Теперь вы его обязаны удержить и уплатить в бюджет. Теперь самое главное вот смотрите сумма НДС у Вас к уплате 9 рублей, а вы сами заплатили 18 рублей. 9 рублей какбы переплатили. Вот это и есть возмещение. В других случаях, вы ставите НДС на вычет, уменьшая тем самым базу НДС к уплате

есть к уплате - это когда вы должны бюджету, а к возмещению - это когда бюджет должен Вам. Деньги либо возвращаются на расч. счет либо идут в счет предстоящих платежей.

Учет НДС ведется на двух счетах бухгалтерского учета.
Счет 19 используется для учета НДС полученного от покупателей, т. е. когда Вам приходит счет-фактура Вы приходуете НДС на Дт счета 19 .
На Кт счете 68.2 Вы начисляете НДс с реализации Вашей продукции, тораров, работ и т. д.
Когда выполняются все условия ст. 169 НК РФ по заполнению счет-фактуры от покупателя Вы кредитуете счет19 в проводке Дт 68.2 Кт 19 и соответственно Ваш НДс уменьшается.
Если разница между НДС начисленным с реализации и НДС к вычету положительная, то НДс подлежит уплате в бюджет. Если отрицательное, то НДс подлежит возмещению из бюджета.
Мне кажется несколько сбивчиво получилось. Вам лучше прочитать главу 21 НК РФ