ООО (работала по НДС), купила оборудование (в декабре 2008 года) . И перешла (c 01.01.09)на упрощенку (доходы6%).И о ужас! -->

При чем здесь логика и ввод в эксплуатацию?
Многие налогоплательщики после перехода на "упрощенку" с общей системы налогообложения продолжают использовать в своей деятельности товары, работы, услуги (в том числе основные средства и НМА) и имущественные права, приобретенные до смены режима.
Согласно пп. 2 п. 3 ст. 170 НК РФ суммы НДС, принятые к вычету по указанным товарам, при переходе на УСН необходимо восстановить.
По общему правилу налог восстанавливается в той же сумме, в которой он был принят к вычету (абз. 2 пп. 2 п. 3 ст. 170 НК РФ) . Единственное исключение сделано для основных средств и НМА. По ним налог восстанавливается в части, пропорциональной их остаточной (балансовой) стоимости без учета переоценки.
Обратите внимание!
Минфин России указывает, что при определении суммы восстанавливаемого НДС за основу берется остаточная стоимость основных средств по данным бухгалтерского учета (Письмо от 05.06.2007 N 03-07-11/150).
Восстанавливать НДС вы будете в налоговом периоде, предшествующем переходу на "упрощенку" (абз. 5 пп. 2 п. 3 ст. 170 НК РФ) . Напомним, что налоговым периодом по НДС является квартал (ст. 163 НК РФ) .
Например, вы переходите на УСН с 1 января 2009 г. Значит, НДС вы восстановите в IV квартале 2008 г.
Учесть восстановленный НДС вы сможете при исчислении налога на прибыль в составе прочих расходов согласно ст. 264 НК РФ (абз. 3 пп. 2 п. 3 ст. 170 НК РФ) . На это указывает и Минфин России в Письме от 07.12.2007 N 03-07-11/617.
ПРИМЕР
восстановления НДС по основному средству при переходе с ОСН на "упрощенку"
Ситуация
Организация "Альфа", находясь на общей системе налогообложения, приобрела основное средство - автомобиль стоимостью 354 000 руб. , включая НДС 54 000 руб. Сумма налога была принята к вычету.
К моменту перехода организации на УСН остаточная стоимость автомобиля для целей бухгалтерского учета составила 130 000 руб.
Решение
Организация "Альфа" обязана восстановить принятый к вычету НДС в размере 23 400 руб. (130 000 руб. x 18%).
В бухгалтерском учете операции по восстановлению НДС и включению его в расходы отражаются проводками.
Дт19 Кт68 23400- восстановлен НДС с остаточной стоимости (счет-фактура)
Дт91.2 Кт19 23400 - отнесен НДС на прочие расходы (бух. справка)
Если ОС учтено на счете 08, то НДС уже в декабре можно принять к вычету (не дожидаясь ввода в эксплуатацию) .
Так как в декабре ОС не амортизирует, то остаточная стоимость=первоначальная стоимость, учтенная на счете 08.
То есть нужно было в декларации за 4-ый квартал 2008 года НДС по ОС поставить к вычету и эту же сумму к уплате. А в декларации по налогу на прибыль этот НДС учесть в уменьшение налогооблагаемой базы по налогу на прибыль.
Сдавайте уточненки.

в эксплуатацию ввели когда? в январе? в январе вы работали на УСН.... по логике налоговая права.... по документам надо смотреть

По логике - не права. Что же теперь весь НДС за прошлый год вернуть, когда вы были на ОСН? Суд обычно такие вопросы решает.