Директору необходимо снять со счета ООО небольшую сумму наличными.Как это можно указать в банке и отразить по документа?

снятие денег с расчетного счета облагается только оплатой комиссии банку если статья затрат зарплаты и соц. выплаты (то процент где-то от 0,1-0,5% от снимаемой суммы, если это хоз. цели то там процент повыше 1,5-3% в рамках кассовой заявки) . Налоги никакие со снятых денег не платьться (кроме зарплатных сумм -с них не позднее 15 числа следующего месяца) , нужно помнить что по ним должны быть подложены в бухгалтерию все документы. Хоз цели подтверждаются авансовым отчетом к которому прикладываются чек, товарный чек или иной документ описывающий затрату и т. п.

смотря на что он снимает деньги, можно просто указать хоз. расходы
В бухгалтерии эта операция отражается приходником Дт 50 Кт 51, а выдача денег через Кт 50

Заполняете чековую книжку, снимаете по ней на хозрасходы. Дт 50 Кт 51. Потом выдаете под отчет директору Дт 71 Кт 50. В течении трех дней директор должен отсчитаться за полученные деньги, либо сделать авансовый отчет, либо вернуть деньги. Но можно прописать во внутренних нормативных актах, что подотчетные лица отчитываются раз в месяц, либо в последний день месяца, как вам удобно.

Комиссия за проведение операций банком а также выдача наличных денег должна быть оговорена банком в договоре между вашим ООО и банком. (поскольку вы юридическое лицо) , а также для получения наличных у вас должна быть чековая книжка. Оформляйте как положено бухгалтерские документы и вопросов не будет.

Или зарплата, или командировочные..