Можно ли находясь на ЕНВД выставить счет ООО

Кто Вам такое сказал. ЕНВД устанавливается на отдельные виды деятельности. Если не все виды вашей деятельности подпадают под вменёнку, то вы обязаны вести отдельный учёт по этим видам по ОСНО, УСНО и ЕНВД. Т. к. вы на вменёнке, то вы просто выставляете счет юр. лицу без НДС, только и всего.

Так вам же сказали - изменится налогообложение . Учет надо вести отдельно.

как вариант - можно попытаться прикрыть седалище письмом от ООО о том что оплату они производят ЗА гражданина ПУПКИНА. И в платежке пусть это напишут.
( только они могут не согласиться) .
у них свои цели - а у вас -геморрой.

Если вы оказываете услуги физ. лицам, то будете использовать ЕНВД, если будете торговать с юр. лицами (в вашем случае ООО) , то ЕНВД применять вы не можете, согласно законодательству РФ. Так как договор у вас с физ. лицом, то и сделка должна быть между вами и физ. лицом. Даже если заплатит за него ООО, то это не будет считаться сделкой с ООО и ЕНВД вы использовать сможете.

Вообще система налогообложения или общая или упрощеная. ЕНВД - это налогообложение определенных видов деятельности. Если Вы изначально не писали заявление на упрощенку, то у Вас общая система и соответствено как только начнете работать с ООО, то тут и НДС и все остальные налоги.

Если сделка с ООО не превышает 5% от общей выручки за налоговый период (для ЕНВД - это квартал) , то можете использовать ЕНВД, не "задействуя" ОСНО. Но при этом Вы должны вести учет доходов (выручки) по ЕНВД. Если Вы этого не делаете, можете попробовать воспользоваться базовой доходностью, но.. . это чревато.. .