Может ли ИП на ЕНВД, продать для ООО...

Вы запутались. ЕНВД - это продажа конечному покупателю с некоторых пор. А если Вы продаете ООО, то У Вас если нет УСНО то эта сделка подпадает под ОСНО.
А по поводу наценки есть в 1 части НК такой пунктик. Читайте и решайте сами докажете Вы свою правоту или нет. (Доказывать придется в суде) , а не большая наценка в 1-2% могла бы смягчить Ваше положение.

Статья 40. Принципы определения цены товаров, работ или услуг для целей налогообложения

1. Если иное не предусмотрено настоящей статьей, для целей налогообложения принимается цена товаров, работ или услуг, указанная сторонами сделки. Пока не доказано обратное, предполагается, что эта цена соответствует уровню рыночных цен.
2. Налоговые органы при осуществлении контроля за полнотой исчисления налогов вправе проверять правильность применения цен по сделкам лишь в следующих случаях:
(в ред. Федерального закона от 09.07.1999 N 154-ФЗ)
1) между взаимозависимыми лицами;
2) по товарообменным (бартерным) операциям;
3) при совершении внешнеторговых сделок;
(пп. 3 введен Федеральным законом от 09.07.1999 N 154-ФЗ)
4) при отклонении более чем на 20 процентов в сторону повышения или в сторону понижения от уровня цен, применяемых налогоплательщиком по идентичным (однородным) товарам (работам, услугам) в пределах непродолжительного периода времени.
(пп. 4 в ред. Федерального закона от 09.07.1999 N 154-ФЗ)

если ИП работает с ООО, то почему ЕНВД?

ЕНВД -это при розничной торговле (ограничения по площади торгового зала) .
Розничная торговля отличается от оптовой, тем, что покупатель приобретает товар у Вас для собственного потребления, а не для дальнейшей перепродажи с целью извлечения прибыли (оптовая торговля) .
Такие сделки попадают под понятие РОЗНИЧНОЙ торговли независимо, кто Ваш покупатель: физическое лицо, Индивидуальный предприниматель или юридическое лицо любой организационно-правовой формы.
Так что если холодильник, кастрюли приобретены, условно, для столовой ООО, находящейся на его балансе, то эта сделка будет носить признаки розничной торговли.
Бухгалтерии ООО наверно нужен НДС для вычета. А у Вас его нет, не платите НДС.
Вам следовало по АГЕНТСКОМУ договору приобретать от своего имени, но за счет ООО. Может еще можно такой договор составить. В этом случае ИП -только агент. Счета-фактуры, накладные придется возможно переоформить, Поставщику-то этого оборудования разницы нет кому продать. Вообщем не видя документов, трудно дать конкретную рекомендацию.

Это ваше дело, за сколько вы продаете товар, хоть себе в убыток. На налогах это никак не отразится. Однако, если был договор поставки этого холодильника, и там озвучена цена, то бухгалтерия права.

Продать можете, но при продаже ООО - ЕНВД не подходит, следовательно прийдется сдать по обей системе или УСН.

Думаю, будут проблемы с налоговой, вас могут заподозрить в какой-нибудь махинации. Достаточно, хотя бы небольшую накрутку сделать, и можно продавать ООО.