Почему не обращают внимание на отсутствие НДС?

Потому что это законно.
Их система налогообложения (УСН) такова, что они не являются налогоплательщиками НДС.

некоторые компании, крупные, имеют регулярно НДС к зачету.... Посему Ваш товар без НДС им как манна небесная...

а при чем здесь неграмотность персонала? и почему должны возникать вопросы? усно регламентирована НК РФ. а то, что кроме НДС бывает еще и налог на прибыль, в который эта сумма войдет полностью? очень многие про это забывают. ведь НДС сам по себе - изначально не наши деньги, а налог, накрученный на нашу продукцию государством.

А причем тут неграмотность персонала? Как раз наоборот - грамотность здесь видна! Им товар обходится дешевле на НДС...

Компании, находящиеся на УСН не являются плательщиками НДС и поэтому не выставляют счетов-фактур к оплате - ибо выделять собственно нечего ( в случае, если такая фирма выставит так называемую счет-фактуру с нулевым НДС ей прийдется сдавать отчеты по налогу - а кому это надь? - хотя право то собственно тоже имеет - но не обязана) ) Однако сотудничество фирм с разными системами учета не запрещено - соответственно, если между фирмами есть договор, то счета оплачиваются, просто фирма-плательщик НДС в этом случае не имеет НДС входящего, то есть заплатит государству 18/10% со своего оборота без всяких входящих вычетов.

в любом случае они уменьшат налоговую базу по налогу на прибыль

Крупные компании имеют своих постоянных поставщиков. НДС к зачету накоплен. Поэтому фирмы с которыми работают редко или которые осуществляют поставки малыми партиями большой роли в этом вопросе не играют

Если цена товара у Поставщика, работающего без НДС на самом деле ниже чем у компаний -плательщиков НДС, то Крупной компании даже выгодно покупать такой товар, т. к. Компания экономит Деньги на эту самую разницу, сохраняет деньги в своем обороте. Наоборот, многие не понимают такого преимущества и покупают товар (услуги) ,не сравнивая цены: А ЛИШЬ бы с НДС было, да на "вычет" взять. Я такую ситуацию вижу, особенно по грузоперевозкам, когда Грузоперевозчик (до 20 авто )вынужденно находится на ЕНВД и естественно НДС нет у него, А Заказчику "вынь" да "подай" НДС к вычету, вот и рождаются "серые" схемы, или хуже "подставные" фирмы "С НДС".