Почему налоговики говорят, что должна платить НДС в Казахстане, если купила машину в России, стоимость которой с НДС?

Налоговые органы РК правы. При экспорте товаров в Беларусь и Казахстан российский поставщик применяет "нулевую" ставку по НДС. При условии, разумеется, что эк­спорт подтвержден документально, а необходи­мые документы представлены в налоговую.
Перечень документов, подтверждающих пра­во на применение "нулевой" ставки, установ­лен п. 2 ст. 1 Протокола от 11.12.2009 г. В их числе:
экспортный договор;
выписка из банка, подтверждающая пос­тупление денежных средств от иностран­ного покупателя;
заявление о ввозе товаров и уплате косвен­ных налогов с отметкой налогового органа того государства, на чью территорию им­портированы товары;
транспортные (товаросопроводительные) документы, подтверждающие перевозку товара. Транспортные документы не требу­ются лишь в том случае, если допускается "бездокументное" перемещение товаров, закрепленное законодательством РФ (пп. 4 п. 2 ст. 1 Протокола от 11.12.2009 г.) .
иные документы, предусмотренные зако­нодательством РФ. Например, докумен­ты, необходимые при продаже товара че­рез посредника (п. 2 ст. 165 НКРФ) .
---
Памятка для физических лиц, импортировавших автомашины на территорию Республики Казахстан с территории Российской Федерации и Республики Беларусь для личного пользования
1. Физическое лицо должно обратиться в налоговый орган по месту жительства,
2. Заполнить форму заявления о ввозе товаров и уплате косвенных налогов в 4 экземплярах на бумажном носителе и в электронном виде, позволяющем компьютерную обработку информации.
3. Для физических лиц, не имеющих электронно-цифровую подпись, реализованы электронные шаблоны для заполнения форм. Так же разработана инструкция и правила по заполнению шаблона.
4. Физическое лицо уплачивает налог на добавленную стоимость в размере 12 процентов со стоимости автотранспортного средства на код бюджетной классификации 105109 при ввозе из Российской Федерации, код 105110 при ввозе из Республики Беларусь в учреждениях банка второго уровня или подразделениях "Казпочты".
5. Налоговый орган проверяет правильность заполнения заявления, документы, на основании которых приобретено автотранспортное средство, правильность определения налоговой базы для исчисления НДС, поступление уплаченного налога в бюджет и подтверждает поступившую сумму во втором разделе заявления проставлением суммы подписью и печатью налогового органа.
6. Налогоплательщик предъявляет заверенный экземпляр заявления в РЭУ Дорожной полиции, на основании которого оформляется автотранспортное средство.
7. При регистрации автотранспортного средства должен быть оплачен налог на транспортные средства.

Казахстан в месте в РФ и РБ входит в таможенный союз.
никаких дополнительных платежей при перемещении матценностей между этими странами нет.