Почему в 1С после отгрузки счет-фактура на аванс не попадает в книгу покупок?

Через формирование записей книги покупок, если сделаешь это формирование тогда эта счет-фактура туда попадет.
А ты формируешь книгу продаж через формирование записей книги продаж?
Если нет, то нужно зайти в договор и снять галочку автоматически формировать книгу продаж и тогда у тебя должно в ручную получиться сделать запись книги покупок.

в настройках счета фактуры есть галка: автоматически включать счета фактуры на аванс в книгу продаж.. А в книгу пкупок они не обязаны сразу попадать.

Все может быть проще. Договора проверьте - на аванс и на отгрузку, скорей всего они разные.

Для того, чтобы 1С могла автоматически заполнить книгу покупок по зачтенным авансам, должны быть корректно разнесены субсчета 62-го счета. То есть, если Вы пользуетесь только 62.1 или у Вас существует сальдо по одному и тому же контрагенту и на 62.1, и на 62.2, то при формировании книги покупок 1С может просто не понять, что аванс зачтен, и, соответственно, не сформировать проводки. Если же появляется сообщение "....недостаточно дебетового сальдо по счету 76АВ", то стоит присмотреться к копейкам, указанным в строке НДС. Иногда 1С при начислении НДС с аванса высчитывает НДС на 1 копейку меньше, чем при его зачете. "Запись книги покупок" пытается сделать проводку на 1 копейку больше, чем есть на 76.АВ, и у нее, конечно, ничего не получается. Тогда нужно подправить эту копейку в ячейке документа вручную.

а в книге продаж на дату аванса у вас нужная сумма светится?? ? может вы просто не сформировали ее