Сумма выплаты %-та от зартплаты по уходу за ребоёнком до 1,5 лет

Это, скорее всего, ФСС проверил и к зачету расходы в части, превышающей размер пособия, исчисленного по закону, не принял. Они правы.
Согласно ст. 14 Федерального закона № 255-ФЗ от 29.12.2006 "Об обязательном социальном страховании на случай временной нетрудоспособности и в связи с материнством" пособия рассчитываются из среднего фактического заработка за 12 месяцев, предшествующих наступлению страхового случая. Последующие изменения окладов к расчету пособий отношения не имеют.
п. 1. статьи 14. Пособия по временной нетрудоспособности, по беременности и родам, ежемесячное пособие по уходу за ребенком исчисляются исходя из среднего заработка застрахованного лица, рассчитанного за последние 12 календарных месяцев работы (службы, иной деятельности) у данного страхователя, предшествующих месяцу наступления временной нетрудоспособности, отпуска по беременности и родам, отпуска по уходу за ребенком. В случае, если застрахованное лицо не имело периода работы (службы, иной деятельности) непосредственно перед наступлением указанных страховых случаев в связи с временной нетрудоспособностью, отпуском по беременности и родам или отпуском по уходу за ребенком, соответствующие пособия исчисляются исходя из среднего заработка застрахованного лица, рассчитанного за последние 12 календарных месяцев работы (службы, иной деятельности) у данного страхователя, предшествующих месяцу наступления предыдущего страхового случая.

Но при этом, согласно пункту 4 статьи 15. «Сроки назначения и выплаты пособий по временной нетрудоспособности, по беременности и родам, ежемесячного пособия по уходу за ребенком» этого же Закона:
4. Суммы пособий по временной нетрудоспособности, по беременности и родам, ежемесячного пособия по уходу за ребенком, излишне выплаченные застрахованному лицу, не могут быть с него взысканы, за исключением случаев счетной ошибки и недобросовестности со стороны получателя (представление документов с заведомо неверными сведениями, сокрытие данных, влияющих на получение пособия и его размер, другие случаи) . Удержание производится в размере не более 20 процентов суммы, причитающейся застрахованному лицу при каждой последующей выплате пособия, либо его заработной платы. При прекращении выплаты пособия либо заработной платы оставшаяся задолженность взыскивается в судебном порядке.
А вот поэтому - в части удержаний они уже не правы: недобросовестности с Вашей стороны не было, счетной ошибки (арифметической) - тоже не было. Это предприятие неправильно применило закон. Но Вы-то в этом не виноваты!
Поэтому пересчитать и назначить пособие в прежнем размере они обязаны, а удерживать уже переплаченные суммы с Вас не должны бы. В части удержания ранее выплаченных сумм можете обжаловать в трудинспекцию или прокуратуру или в суд.

индексация произошла в перид отпуска по уходу за ребенком, значит и повышение учитывать нельзя. ведь для расчета отпуска по уходу берутся последние 12 мес, и оплачивают 40%