Что можно сделать, если в кассе за 2008г.сумма в РКО оказалась больше суммы, указанной в платеж. ведомости? Фирма на УСН

Заменить платежную ведомость и добавить в нее недостающую сумму. Тогда книгу менять не надо. (Выдайте кому- нибудь аванс на разницу) . Вероятность проверки минимальная. Кассовые документы со стороны банка под проверку не попадают это точно. А налоговики будут проверять в случае поступивших жалоб. Так что особо не заморачивайтесь.
Если по фактическим цифрам будуте исправлять книгу доходов, то пересчитаете налог плюс пени на возникшую разницу. Не стоит.

спустя 2 года заметили.
Так у Вас сч. 70 не должен был идти.
Начислено с выданным не прЁт.
Это влияет только на бух. баланс, в книге не видно.

Есть несколько уточняющих вопросов.
1. Платежная ведомость по заработной плате?
2. Я так понимаю, что в РКО оказалась сумма больше, чем по ведомости. Или же на одну ведомость было сделано два РКО? Или же при наличии ведомости ЗПЛ выдавалась по РКО?

Прежде всего, вы нарушили алгоритм учетных процессов. Деньги из кассы выдаются по ведомости, а не по РКО. А вот РКО формируется один раз после закрытия ведомости на сумму реально выданных по ведомости денег. Внизу ведомости есть соответствующая запись.

Пункт 1.6. порядка заполнения книги доходов и расходов предусматривает внесение исправлений в книгу. То есть, Вы можете переписать РКО на нужную сумму. После чего исправляете соответствующую запись по строке в книге ДиР. Затем исправляете итоговые суммы. После этого сдаете уточненную декларацию по УСН. При необходимости доплачиваете налог. Все исправления в книге должны быть заверены подписями и печатями.

То есть, сделать ведомость на недостающую сумму?