В офисе сделали мелкий ремонт. Нам зачли эту сумму в оплату. Но бухгалтер выставил документы (Акт) на сумму, согласно

Давайте разберемся по порядку.

1. Вам зачли сумму ремонта в оплату!! ! Есть документы, подтверждающие это (акт зачета, соглашение или что-то подобное)?? ?
Если нет, то слова к делу не прикрепишь, вы обязаны платить всю сумму арендной платы, в этом случае речь идет о вашей фактической задолженности по платежам.

2. Если имеется акт зачета или прочее соглашение о зачете суммы сделанного вами ремонта, то тут проблем не вижу. Вы выставляете счет арендодателю на сумму ремонта, прилагая смету ваших затрат и акт о том, что арендодатель согласен с суммой (можно акт выполненных работ) .
Далее делаете запись:
Дт 76 Кт 91 - выставлен вами счет на сумму ремонта (условно 100)
Дт 26 Кт 60 - проведены затраты на всю сумму арендной платы (условно 500)
Дт 60 Кт 76 - проведен зачет арендной платы на сумму сделанного вами ремонта (условно 100)
Дт 60 Кт 51 (50) - оплата остатка за арендную плату (условно 400)

3. Кроме этого, внимательно почитайте договор аренды. Обычно в нем указывают за чей счет производится мелкий ремонт. Если за счет арендодателя, то можно в случае отсутствия акта зачета составить его и выставить все документы на ремонт арендодателю (Не забудьте только составить доп. соглашение на зачет) . Это будет более чем законно.
Ну, а если текущий ремонт обязан производить арендатор за свой счет - то увы!! ! Вам придется заплатить всю сумму арендной платы и расходы по ремонту принимать к своим затратам.

Это вам лучше решить с арендодателем. Если у вас будет висеть задолженность, то у них соответственно тоже будет. И вы, и они каждый раз будете спотыкаться об этот долг.
У меня есть пара вариантов: либо вы платите меньше, чем указано в акте (раз была такая договоренность) , либо составьте доп. соглашение, что в определенном месяце в связи с тем-то и тем-то арендная плата будет составлять определенную сумму.