В квартале, в который уже закрыт, нужно удалить неправильно выставленные документы

Ну не знаю как правильно там, вернее лень писать, что в бух. учете ошибки отражаются в период обнаружения, в налоговом в периоде когда была допущена ;)
Вы же бухгалтер, вам виднее как разрулить ситуацию, вариантов масса начиная с того, что сделать сторно счет-фактуры ошибочно выставленной, заканчивая тем что тупо ;)) забить в корреспонденции с нулевыми проводками нужные суммы, сформировать отчеты и посмотреть на результаты. Написав справку бухгалтерскую и приложить её к документам чтобы потом если что самой не забыть и другим показать ;)
"в связи с особенностями бухгалтерской программы "какая там у вас" и допущенной ошибкой при занесении в неё данных (счёт-фактура от 00.00.00 № ???на сумму ???) проведены исправления 00.00.00 по дебету ?? и кредиту ?? счетов ?? на сумму ???

Нет вы всю программу перебуробуете ;) нервы себе и другим истрепете ;) забывая основное правило "приоритета содержания перед формой" всё можно делать и делать как можно проще, а не создавать себе проблемы ;)

вы можете провести корректировку текущей датой.
И персдать уточненки по НДС и Прибыли.

Сделаете сторно, сдадите уточненку по НДС, а сбившаяся нумерация-это не наказуемо.

сделать правильно-сдать уточнение по НДС

причина удаления какая? поподробнее...

если ошибка в этом отчетном периоде (2012 г.) , то исправляйте в том квартале, где ошиблись и сдавайте уточненку по НДС, по прибыли - не обязаны, т. к. налог переплатили. Бух. отчетность не пересдается

если кварталш закрыт то и трогать уже ничего не стоит

лучше не трогать