ИП на общей системе налогообложения передало товар(на4млн.руб). в свою же фирму на усн,как быть с НДС

Я так понимаю, что Вам надо продавать, не выделяя НДС. Лишь бы Ваш покупатель согласился. Если выделите НДС, то рискуете. Тем более, кроме суммы еще штрафы и пени.

Если ваш ИП - на ОСНО - то по любому надо отражать реализацию и платить НДС в бюджет!
А входящий НДС по этим товарам где?

А если так - ИП в розницу (то есть уплатив ЕНВД с минимальной площади) продаст представителю действующего ООО весь товар как частному лицу, действующее ООО приходует у себя его и распродаёт этот товар? Ну правда если действующее ООО на УСНО-доходах. Для верности можно зарегистрировать ещё ООО на другого человека и в другой налоговой, заключить договор аренды с минимальной площадью на месяц. Расходы придётся понести, но всяко меньше, чем НДС с 4 млн. руб. :)

П. С. А вопрос хороший :)

Чтобы не платить НДС надо чтобы передача не признавалась реализацией. Если ИП больше работать не будет - может это будет его взнос в уставный капитал ООО? Возьмите его в учредители.
Или оговорите переход права собственности на товар в момент оплаты и пусть ООО не оплачивает и по истечении срока исковой давности спишите долги. Но в этом случае у ООО наверно будет доход, с которого 6% через 3 года все равно меньше чем НДС с ИП сейчас.