Налоговая инспекция отказала в получении имущественного налогового вычета по статье 220 НКРФ за 2009 год! что делать?

Так как ПРОДАННАЯ КВАРТИРА была в собственности менее 3 лет, поэтому до 30 апреля вам нужно было сдать Декларацию 3-НДФЛ и до 15 июля заплатить налог. Как вам правильно ответила Светлячок рассчитать НДФЛ на проданную квартиру можно 2 способами
1)Воспользоваться Имущественным налоговым вычетом (Сумма по договору купли-продажи (квартиру которую вы продаете) - 1000000 рублей) х13%
2) Отказаться от Имущественного налогового вычета и тогда ( Сумма по договору купли-продажи проданной квартиры - произведенные и документально подтвержденные затраты на приобретение этой проданной квартиры) х 13%
Выбирайте что вам выгодней, так и заплатите. Вот за это вас ИФНС и привлекает к ответственности. Доход от продажи квартиры получили, а налоги не заплатили, сколько раз будете продавать квартиру, столько раз и будете пользоваться этим налоговым вычетом.
А отказали вам от Имущественного налогового вычета на ПОКУПКУ КВАРТИРЫ до 260000 рублей (2000000 х 13%). Дело в том что основным условием его получения является наличие Свидетельства о собственности на квартиру, а оно у вас получено в 2010 году, так что и Декларацию будете заполнять за 2010 год. Имущественным налоговым вычетом на покупку можно воспользоваться только 1 раз в жизни.

Так как квартира в собственности менее 3 лет, то нужно сдавать Декларацию 3-НДФЛ и заплатить налог.
У вас есть возможность выбрать как заплатить налог
1. Воспользоваться Имущественным налоговым вычетом
(Сумма по договору купли-продажи -1000000 рублей) х 13%
2. Отказаться от Имущественного налогового вычета
(Сумма по договору купли продажи - сумма фактически произведенных и документально подтвержденных расходов, связанных с получением этих доходов) х 13%
Посчитайте, может вам второй вариант выгодней, раз отказали
Непонятно, право собственности на новую квартиру здесь причём, вы же отчитывайтесь по полученным доходам за проданную в 2009г.

Нужно было сдать за 2009 год Декларацию 3-НДФЛ

А Вы получали Вычеты за проданную квартиру, тогда все правомерно.
Вычет получают ОДИН РАЗ

Вы что думаете сколько раз покупаете, столько раз будете получать вычет. Только ОДИН РАЗ.
А вот при продаже сейчас вычет не более 1000000р. (если в собственности менее 3-х лет), получаете столько раз сколько продаете.

Ну что делать - платить налог в этом году, а в следующем возвращать по купленной квартире.
Вы с проданной квартиры миллион вычет ставили или фактические затраты? Если миллион, то можно попробовать уточнить декларацию взяв фактические затраты (если они конечно больше и есть доки на них. )
Налоговая права - право собственности на квартиру обязательно, а вы его получили в 2010 году....

Похоже, осталось только опротестовать решение ИФНС через Арбитражный суд...