Оптовая торговля, когда отправляем товар клиенту выставляем еще им транспортные услуги т.к платим за отправку

Они у вас будут как доходы за транспотные услуги! И налогообложение у них будет немного другим! Не путайте товар.. и услуги!

зависит от того- как оформлен у вас договор с покупателеми и перевозчиком.
Можно эти деньги - "сквозняком" через 76 счет - а можно и в 90!

Так же, как оплату товара.

Если вы доставляете товар до покупателя собственным (или арендованным) автотранспортом и предъявляете транспортные услуги сверх стоимости товара, то, если у вас менее 20 единиц транспорта, возникает система н/о в виде ЕНВД . Тогда трансп услуги отражаются как реализация транспортных услуг:
Дт62 Кт90 - отражена выручка
Дт51 Кт62 - поступила оплата за услуги
Если товар до покупателя доставляет сторонняя организация или ИП и вы предъявляете стоимость услуг сверх стоимости товара (не включаете в стоимость товара) , то в учете следует отразить так:
Дт76.5 покупатель товара Кт60.1 перевозчик. В этом случае "входной" НДС на счет 19 не выделяется, а принимается в стоимости услуг.
Дт51 Кт76.5 покупатель товара - оплачены транспортные услуги покупателем.
При этом покупателю нужно оформить акт от имени вашей организации (в 2-х экземплярах) и перенести в него ту информацию, которая содержится в акте перевозчика (дословно, буква в букву) . При этом никаких проводок по реализации услуг делать не нужно (акт можно напечатать в Word) Если перевозчик не плательщик НДС, то счет-фактуру в адрес покупателя вы не оформляете. Если перевозчик плательщик НДС и предъявил счет-фактуру за транспортные услуги, то ваша организация оформляет счет-фактуру от своего имени в 2-х экземплярах, перенося информацию из счета-фактуры перевозчика. Этот счет-фактуру ваша организация не включает в книгу продаж, но регистрирует в книге выданных счетов-фактур. Счет-фактуру, полученную от перевозчика ваша организация не включает в книгу покупок, но регистрирует в журнале полученных счетов-фактур. Такой документооборот возникает потому, что ваша организация не оказывает услуги самостоятельно, а привлекает третьих лиц. Через счет 90 (выручка) в этом случае услуги проводить не нужно! Это не вид деятельности и не прочая реализация - это вообще не реализация.
Условия поставки должны быть оговорены в договоре (в цену товара, сверх стоимости товара) или в допсоглашениях.

Я бы учла трансп. услуги на счете 91, как не основной вид деятельности.

Вы им не можете выставить документы на транспортные услуги, т. к. не оказываете транспортных услуг. И по факту, и документально (должно быть оформлено) , вы осуществляете посредническую деятельность, по привлечению исполнителей для осуществления перевозки - агентский договор и соотвествующие первичные документы.
Ваш доход - наценка, если она есть, но документы им выставляете / перевыставляете на всю сумму.

Если вы оказываете транспортные услуги по перевозке грузов и данный вид деятельности заявлен вами при регистрации, вы обязаны платить ЕНВД. Гл. 26.3 НК РФ - Система налогообложения в виде единого налога на вмененный доход для отдельных видов деятельности (далее в настоящей главе - единый налог) может применяться по решениям представительных органов муниципальных районов, городских округов, законодательных (представительных) органов государственной власти городов федерального значения Москвы и Санкт-Петербурга в отношении следующих видов предпринимательской деятельности: оказания автотранспортных услуг по перевозке пассажиров и грузов, осуществляемых организациями и индивидуальными предпринимателями, имеющими на праве собственности или ином праве (пользования, владения и (или) распоряжения) не более 20 транспортных средств, предназначенных для оказания таких услуг.

да